http://www.vlaamswoordenboek.be/definities/term/titel, ten ~...Vlaams Woordenboek
titel, ten ~ van (uitdr.)
in de functie van, in de hoedanigheid van, als, bij wijze van
vb.: verkavelingen.be: Het plan is louter ten titel van inlichting
VD2014 online: Belgisch-Nederlands, niet algemeen
ten bestuurlijke titel
ten titel van bestuur
Vrij van griffierecht - Ten bestuurlijke titel
Vrij van griffierecht - Als bestuur/Zijnde bestuur
Vrij van griffierecht - Als/Zijnde een bestuurlijke organisatie
Vrij van griffierecht - As an administrative/a governmental organisation/institution/body
In fact you, as a/being a Flemish human being :-), gave the translation yourself when writing:
"because FOD Justitie is a governmental institution"
"(FOD Justitie) being a governmental institution"/zijnde een overheidsinstantie --> Vrij van griffierecht.