This site uses cookies. Some of these cookies are essential to the operation of the site, while others help to improve your experience by providing insights into how the site is being used. For more information, please see the ProZ.com privacy policy.
Cookie settings
beam sequence
1-neighborhood

Glossary entry

English term or phrase:

planted motif search

Russian translation:

поиск скрытых/неявных мотивов

Added to glossary by Natalie
Sep 8, 2015 17:59
8 yrs ago
English term

planted motif search

English to Russian Tech/Engineering Biology (-tech,-chem,micro-) Bioinformatics
A new exact algorithm, PairMotif, is proposed for ***planted (l, d) motif search.*** To effectively reduce both candidate motifs and scanned l-mers, multiple pairs of l-mers with relatively large distances are selected from input sequences to restrict the search space. Comparisons with several recently proposed algorithms show that PairMotif requires less storage space and runs faster on most PMS instances.
Для поиска регуляторных мотивов с ??? (l, d)? l - длина сайта связывания, d - neigborhood...Спасибо.
Proposed translations (Russian)
4 поиск неявных мотивов
Change log

Sep 11, 2015 17:02: Natalie changed "Edited KOG entry" from "<a href="/profile/1200982">*Alena*'s</a> old entry - " planted motif search"" to ""поиск неявных мотивов""

Discussion

*Alena* (asker) Sep 9, 2015:
Так и сделаю. Если разберусь как надо было посчитать во втором вопросе, обязательно напишу в Дискашн. (Уже спрашивала на курсе, но никто не понимает пока что). Как всегда большое спасибо за помощь, Наталья.
Natalie Sep 9, 2015:
Да, имплантирован, именно - но в то же время он скрыт (иначе его бы не искали, он был бы виден, что называется, невооруженным глазом. Одно из значений planted - тайно подсаженный, скрыто подброшенный. Но "подсаженный", "подброшенный", как и "имплантированный" предполагает некие целенаправленные действия, словно кто-то это сделал намеренно, чего на самом деле, разумеется, нет. Поэтому я бы ограничилась просто "скрытыми" или "неявными".
*Alena* (asker) Sep 9, 2015:
Авторы пишут: регуляторные мотивы представляют собой короткие последовательности нуклеотидов, которые, как правило, расположены непосредственно перед генами и используются для контроля экспрессии генов. Т.е. регуляторные мотивы задают условия, при которых ген будет "включаться" или "выключаться".... для демонстрации работы воспользуемся случайно сгенерированными последовательностями, в которые “имплантирован” в случайной позиции каждой последовательности заданный k-мер. Может быть planted = имплантированный, встроенный?
Natalie Sep 9, 2015:
Извините, в чем конкретно вы не уверены? В том, что они скрытые? Вы же сами только что сослались на лекцию Певзнера о скрытых марковских моделях.
*Alena* (asker) Sep 9, 2015:
Спасибо, честно говоря я не уверена, нагуглила...например, нашла на Haskell: http://bioinformatics.ru/Programming/Functional/Haskell-moti... Очень сложно.

Proposed translations

1 hr
Selected

поиск неявных мотивов

https://en.wikipedia.org/wiki/Planted_motif_search


--------------------------------------------------
Note added at 1 hr (2015-09-08 19:10:17 GMT)
--------------------------------------------------

С чего вы взяли, что мотивы регуляторные? Мотивы вообще не бывают регуляторными! Мотив - это просто последовательность аминокислот (в белках) или нуклеотидов (в НК), которые отвечают за какие-то важные свойства белков или НК.

--------------------------------------------------
Note added at 22 hrs (2015-09-09 15:59:11 GMT)
--------------------------------------------------

Кстати, даже лучше: скрытые мотивы
Note from asker:
Спасибо.
Something went wrong...
4 KudoZ points awarded for this answer.
Close search
Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search